AlphaFold 组合用法：从输入到交付的完整链路
先说清楚它是什么：AlphaFold Server 属于「研究与学术」方向的在线服务，谷歌 DeepMind 提供的蛋白质结构预测在线服务。
单独用一个工具往往只解决一段问题，这篇讲怎么把它和上下游工具串起来。
推荐组合：AlphaFold Server + Jina Reader
Jina Reader 的定位是：把网页转成适合大模型阅读的文本的服务。两者分工可以是：AlphaFold Server 负责「文献初筛」这一步，Jina Reader 负责检索资料、核对来源或管理知识库。
工作流步骤
- 明确交付物和验收标准，例如：每篇文献都能查到原文。
- 准备输入：一个研究问题，先去掉敏感信息。
- 在 AlphaFold Server 中执行核心步骤（提示词见下文）
- 把结果交给 Jina Reader 做下一步处理，或从 Jina Reader 取得所需材料。
- 人工检查关键事实与格式，记录发现的问题。
- 把这次用到的提示词和设置保存为模板，下次复用。
文献初筛
准备材料：一个研究问题。
围绕【研究问题】检索近年的相关论文，列出 10 篇最相关的文献：标题、年份、研究方法和一句话结论，并注明检索使用的关键词。
验收标准：每篇文献都能查到原文。
交接时最容易出问题的地方
- 格式不兼容：两边导入导出的格式提前测试一次。
- 信息丢失：每次交接附上来源和版本号。
- 责任不清：约定哪一步由谁做最终确认。
- 成本叠加：两个工具都可能计费，先估算用量。
如果暂时不想引入第二个工具，也可以先用 ESMFold 等同类产品替代其中一环，跑通流程后再决定。
更多可以试的用法
引用核查
准备材料：一段带引用的文字。
检查这段文字中的每个引用：论文是否真实存在、引用内容是否与原文一致，无法确认的请明确标出。
检查点：不存在的引用被标出。
学术语言润色
准备材料：一段英文论文草稿。
润色这段学术英语：改正语法、提升简洁性，不改变论点和数据，用修订模式列出每处修改及原因。
验收标准：数据和论点未改变。
综述框架
准备材料：已收集的 20 篇文献笔记。
根据这些笔记设计一份综述框架：按研究主题或方法分组，指出各组之间的分歧和研究空白。
检查点：指出了研究空白。
常见问题：期刊对 AI 使用有要求
投稿前阅读期刊政策，按要求披露 AI 使用情况。
常见问题：报告观点缺少依据
要求每段观点附来源，没有来源的删除或标注。
常见问题：AI 给出不存在的论文
只使用能查到 DOI 或原文链接的文献，逐条核验。
概念补充：系统综述
按预先规定的方法全面检索和筛选文献的综述。
概念补充：虚假引用
AI 编造的不存在文献，提交前必须逐条核验。
适合人群：软件工程师
软件工程师可以用 AlphaFold 处理代码阅读与重构、测试与排错等工作。需要注意：不要把密钥和未开源代码上传到未授权工具，合并前审阅每处改动。
适合人群：中小学老师
中小学老师可以用 AlphaFold 处理备课与分层练习、批改反馈与评语等工作。需要注意：学生个人信息和成绩不要上传到未经学校批准的工具。
注意事项
文中提示词和示例仅作示意，实际效果取决于你的材料和 AlphaFold 当前版本，重要内容请人工核对后再使用。
本文基于 AlphaFold Server 公开的定位与通用用法编写，具体功能、套餐与可用地区以官方页面为准，产品更新后界面和名称可能变化。